新疆医科大学学报

2016, v.39(04) 426-429

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细粒棘球绦虫未知功能基因384p02i04的克隆及生物信息学分析
Molecular cloning and bioinformatics analysis of a novel gene384p02i04 in Echinococcus granulosus

刘辉;肖云峰;赵军;王建华;吕国栋;

摘要(Abstract):

目的克隆细粒棘球绦虫与药物应激相关的未知功能基因384p02i04序列,并进行生物信息学分析。方法提取细粒棘球绦虫原头蚴总RNA,采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增技术(RACE)法扩增384p02i04基因片段,测序,并进行生物信息学分析。采用定量反转录聚合酶连锁反应(qRTPCR)法分析青蒿素、阿苯达唑和吡喹酮等药物干预对384p02i04基因表达的影响。结果 384p02i04基因全长449bp,通过各种生物数据库对该基因进行预测,发现384p02i04基因存在1个编码109个氨基酸的蛋白质开放阅读框,利用BLAST数据库将其核酸及氨基酸序列进行比对,并未发现相似度较高的基因及氨基酸,利用RNA structure软件发现384p02i04基因具有非常低的自由能,其二级结构非常稳定。在青蒿素、阿苯达唑和吡喹酮等药物干预后384p02i04基因均明显下调(P<0.05)。结论克隆获得细粒棘球绦虫的一种与药物应激反应相关的未知功能基因,为研发以该基因为靶点的抗包虫病药物奠定基础。

关键词(KeyWords): 细粒棘球绦虫;药物应激;基因克隆;生物信息学分析

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金(U1303222,81360251);; 新疆重大疾病医学重点实验室开放课题资助项目(SKLIB-XJMDR-2012-2)

作者(Author): 刘辉;肖云峰;赵军;王建华;吕国栋;

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